Un décret paru le 17 février modifie la répartition des rôles entre le préfet de région et le préfet de département. Le premier a désormais « autorité » sur le second.
Le préfet de région peut ainsi :
- adresser aux préfets de département des « instructions » (et non plus des « orientations ») ;
- « évoquer, par arrêté et pour une période limitée, tout ou partie d’une compétence » ;
- prendre toute décision relative à la mise en œuvre des politiques de
l’État ou de l’Union européenne.
En particulier, le préfet aura désormais autorité sur :
- la répartition du personnel entre les services déconcentrés départementaux ;
- l’attribution des crédits de l’État (après consultation néanmoins d’un Comité de l’administration régionale composé des préfets et des directeurs régionaux des services déconcentrés).

S’il passe sous l’autorité du préfet de région, le préfet de département conserve toutefois son pouvoir sur les services déconcentrés départementaux et (depuis le 16 février) sur les services départementaux de gendarmerie, d’incendie et de secours. Il demeure sous l’autorité directe des ministres dans deux domaines : l’entrée et le séjour des étrangers ; et le contrôle de légalité. Il reste « seul habilité à négocier et conclure, au nom de l’État, toute convention avec le département, les communes et leurs établissements publics » (article 59 du décret 2004-374).

Quant au sous-préfet, ses missions n’ont pas changé (« participer » au contrôle de légalité, animer et coordonner l’action des services déconcentrés dans l’arrondissement) mais elles s’appliquent désormais à la gendarmerie nationale, dans les limites compatibles avec son statut militaire.