S’il semble que les bénéficiaires fassent peu de cas des critères de développement durable dans leurs projets, les évaluations révèlent sur le fond une meilleure qualité des opérations par rapport aux périodes précédentes et un « fort dynamisme » des projets dans les domaines de l’efficacité énergétique et des énergies renouvelables. Les projets de maîtrise de l’énergie dans le secteur du bâtiment ont notamment apporté des résultats très satisfaisants, jugés « probants et immédiats ». L’exemple de Carcassonne, qui a permis de cofinancer la rénovation thermique de 180 logements sociaux, est présenté à ce titre comme un projet emblématique, puisqu’il a fait bénéficier les habitants, dès la première année, d’une diminution de 157€ de leurs charges annuelles. Concernant le développement des énergies renouvelables, l’étude révèle une surreprésentation des projets photovoltaïques comparés aux autres types d’énergies. Si les évaluateurs appellent de leurs vœux une meilleure prise en compte des autres énergies, le développement du photovoltaïque aura néanmoins permis, dans plusieurs territoires, de financer les investissements, de mobiliser les entreprises locales et de créer des emplois. 

L’étude note dans le même temps, dans la droite ligne de la stratégie de Lisbonne, un « primat de l’industrie » parmi les projets financés, au détriment du commerce, du secteur de la construction, de l’artisanat et des services, sous-représentés par rapport à leur poids dans les économies régionales et française. Avec des Programmes Opérationnels largement orientés vers l’innovation technologique, le FEDER aurait permis dans plusieurs régions d’impulser de manière significative la recherche et le développement.

Ce bilan intermédiaire positif dans les domaines de l’énergie et de l’industrie est toutefois entaché par les constats de complexité des circuits administratifs, de difficulté de mise en œuvre technique et de manque d’implication des PME et TPE dans ces projets européens. Délais « d’instruction, de programmation et de paiement », justification du contrôle des dépenses, lourdeur des démarches, représentent un frein en particulier pour les PME, associations ou petites collectivités qui hésitent à se tourner vers le FEDER pour cofinancer leur projet. Ces constats des évaluateurs sont assortis de suggestions, et représentent des pistes pour une amélioration du fonctionnement du programme, post 2013 actuellement en débat à Bruxelles.