La Cour des comptes a publié sur son site le 16 juillet 2015 son référé datant du 29 avril dernier, ainsi que la réponse du ministère, sur la gestion de six agences de l'eau (Adour-Garonne, Artois-Picardie, Loire-Bretagne, Rhin-Meuse, Rhône-Méditerranée et Corse, Seine-Normandie). Les magistrats des comptes réitèrent par ce sévère document de six pages leurs fortes critiques, qui avaient déjà fait l’objet d’une longue insertion de 32 pages dans le Rapport annuel publié en février dernier.
Aisance financière et menaces à venir
Sur la période étudiée, soit les exercices comptables 2007 à 2013, la Cour des Comptes pointe que «  la forte augmentation des redevances perçues par les agences de l'eau (+ 24 %) leur a procuré une aisance financière certaine ». Cet accroissement de leurs ressources « ne les a pas incitées à accentuer significativement la sélectivité des aides, qui représentent 90 % de leurs dépenses, en les consacrant aux actions prioritaires dans leurs bassins. Les charges de fonctionnement n'auraient pas été maîtrisées ». Rappelons aussi au passage que l’Etat a ponctionné 210 millions d’euros sur la trésorerie des agences en 2014 et qu’un nouveau prélèvement de 175 millions est d’ailleurs prévu chaque année entre 2015 et 2017 (voté notamment lors des vifs débats du PLF 2015). Concernant la gestion des ressources humaines, il est précisé que « les dépenses de personnel ont augmenté de 13% entre 2008 et 2012 ». La modification du « quasi-statut des personnels en 2007 a donné lieu à d'importants reclassements des agents à la catégorie supérieure », avec un régime indemnitaire considéré par les juges comme « particulièrement généreux». La Cour préconise « de mettre fin aux recrutements aux conditions actuelles du statut et d'explorer les voies d'une refonte du cadre d'emploi à coût constant ».

Une communication jugée trop coûteuse
Toujours selon le texte du référé, « bien que les ressources consacrées aux actions internationales ou de communication ne représentent que 1 % des aides versées, leur montant s'est élevé à 145 M€ au cours du 9e programme, soit entre 2007 et 2012. Ces dépenses financent souvent à guichet ouvert des opérations dont l'intérêt est parfois très limité. En matière de communication, de nombreuses subventions relèvent davantage d'une démarche culturelle et événementielle que d'actions liées à la lutte contre les pollutions ». La Cour en tire la recommandation qu’il reste indispensable de « mieux encadrer les relations entre les agences et les associations qu'elles financent, pour éviter tout conflit d'intérêt entre les membres de l'association et l'agence ». En matière de coopération internationale (notamment le dispositif Oudin-Santini), les projets financés par les agences seraient « conduits en dehors du dispositif de pilotage de l'aide publique française au développement ». La Cour des comptes « s'interroge sur l'opportunité et sur la pertinence de ces actions de coopération internationale qui mobilisent des ressources importantes ».
Renforcer le contrôle interne et la mutualisation
De manière plus classique, les magistrats souhaitent un véritable « contrôle interne en matière d'interventions et de redevances », avec un contrôle a priori des dossiers subventionnés plus efficace, tout en estimant que « le contrôle après l'attribution de l'aide n'est pas assez développé et ses modalités ne sont pas standardisées ». La mutualisation inter-agences pourrait mieux contribuer « à la baisse des coûts de fonctionnement ». Enfin, l'absence d'une gouvernance unique, des systèmes d'information, pour l'ensemble des agences,  est jugée « regrettable ». Ainsi, est préconisé le renforcement de « la mutualisation des moyens et des systèmes d'information des agences dans le cadre d'un pilotage unique proposant une trajectoire commune à toutes les agences ». Dans sa réponse, le ministère insiste sur sa volonté d’améliorer la sélectivité des aides. Plusieurs groupes de travail existent déjà entre agences notamment sur la question de la mutualisation.

Pour en savoir plus :
- Le référé de la Cour des comptes du 29 avril 2015 (6pages)
- La réponse du ministère du 8 juillet 2015 (7 pages)
- La partie du Rapport annuel du 11 février 2015 dédiée au Agences de l’eau (96 pages avec les réponses)