Lors d’une communication en Conseil des ministres le 31 juillet,  le Premier ministre a dressé la liste des capitales régionales qui seront effectives à partir du 1^er janvier 2016.
Désignation des 9 chefs-lieux de région
Outre Strasbourg, dont le chef-lieu a été fixé par la loi pour la région fusionnée Alsace-Champagne-Ardenne-Lorraine, le Premier Ministre a annoncé la liste très attendue des sièges des préfectures de région. Sans surprise, ce sont les villes les plus peuplées qui l’ont emporté, à savoir :
- Bordeaux pour la région Aquitaine, Limousin, Poitou-Charentes
- Dijon pour la région Bourgogne-Franche-Comté
- Lille pour la région Nord-Pas-de-Calais-Picardie
- Lyon pour la région Auvergne-Rhône-Alpes
- Rouen pour la région Basse-Normandie et Haute-Normandie
- Toulouse pour la région Languedoc-Roussillon et Midi-Pyrénées
Les chefs-lieux définitifs seront fixés avant le 1er octobre 2016, après avis des conseils régionaux issus du renouvellement de fin 2015.
Des compensations pour les perdants
La réforme fait disparaitre 9 postes de préfets de région et de directeurs généraux d’agence régionales de santé et 63 postes de directeurs régionaux des administrations de l’État, ainsi que leurs états-majors.

En outre, le tiers des sièges des directions régionales sera implanté hors chefs-lieux afin de prendre en compte les spécificités de chaque territoire.
Des compensations sont proposées aux villes qui perdent le statut de capitale régionale. Chacune accueillera de nouvelles directions :
Châlons-en-Champagne : le siège de la direction régionale de l’alimentation, de l’agriculture, et de la forêt, ainsi qu’un centre du service militaire volontaire ;
Metz : la direction régionale de l’environnement, de l’aménagement et du logement ;
Poitiers : le siège de la direction régionale de l’environnement, de l’aménagement et du logement et celui de la direction régionale de l’INSEE ;
Limoges : la direction régionale de l’alimentation, de l’agriculture et de la forêt, ainsi que la commission nationale du contentieux du stationnement payant ;
Clermont-Ferrand : le siège de la direction régionale de l’alimentation, de l’agriculture et de la forêt
Besançon : le siège de la direction régionale de l’environnement, de l’aménagement et du logement, celui de la direction régionale des entreprises, de la concurrence, de la consommation, du travail et de l’emploi et celui de la direction régionale de l’INSEE ;
Montpellier : le siège de la direction régionale des affaires culturelles et celui de la direction régionale et départementale de la jeunesse, des sports et de la cohésion sociale ;
Amiens : le siège de la direction régionale de l’alimentation, de l’agriculture et de la forêt ainsi que celui de la direction régionale et départementale de la jeunesse, des sports et de la cohésion sociale ;
Caen : le siège de la direction régionale de l’alimentation, de l’agriculture et de la forêt, celui de la direction régionale des affaires culturelles et celui de la direction régionale de l’INSEE, ainsi que d’un centre de validation de titres du ministère de l’Intérieur.
Réforme de l’administration territoriale de l’Etat
Dans chaque région fusionnée, il y aura en 2016 un seul préfet de région, un seul recteur de région académique, un seul directeur général d’agence régionale de santé et un seul directeur régional pour chaque réseau ministériel. Dès aujourd’hui des préfigurateurs sont désignés pour l’ensemble de ces fonctions. Ils sont chargés, sous l’autorité et la coordination du préfet préfigurateur, de préparer la création des nouvelles directions en janvier prochain, puis de définir et conduire les grandes étapes de leur mise en place jusque fin 2018. Date à laquelle la réforme sera définitivement mise en place.
Pôle Emploi, l’Agence de l’Environnement et de la Maitrise de l’Énergie (ADEME), l’Agence de Services et de Paiement (ASP) ou des institutions comme la Caisse des Dépôts et Consignations (CDC) ou la Banque publique d’investissement (BPI France) devront prendre en compte cette nouvelle organisation territoriale.
Cas particuliers
Les Académies
Les académies actuelles, maintenues dans leurs limites géographiques, seront regroupées en 13 régions académiques et l’un des recteurs exercera la fonction nouvelle de recteur de région académique. Il sera l’interlocuteur unique du président du conseil régional et du préfet de région.
Dans les neuf régions comprenant plusieurs académies, le recteur de région académique présidera un comité régional académique où siègeront les autres recteurs de la région. Les recteurs de région académique de ces neuf régions seront ceux des académies d’Aix-Marseille, Besançon, Bordeaux, Caen, Lille, Lyon, Montpellier, Nancy-Metz et Paris.
Les ARS
Les directeurs généraux d’agence régionale de santé préfigurateurs et les sièges des agences fusionnées seront localisés à Bordeaux, Caen, Dijon, Lille, Lyon, Montpellier et Nancy. Les fonctions régionales seront, selon la taille des régions, réparties sur plusieurs sites.
Les chambres régionales des comptes
Le siège des chambres régionales des comptes se sont fusionnées des régions Alsace-Champagne-Ardenne-Lorraine et Languedoc-Roussillon-Midi-Pyrénées respectivement à Metz et Montpellier.
L’Etat départemental
Le Premier ministre a enfin annoncé des mesures pour renforcer la proximité de l’Etat.
- les directions départementales « seront la porte d’entrée de l’Etat sur le territoire ». La réforme fera l’objet d’un réexamen systématique du partage des missions entre les directions départementales des territoires et ses directions régionales.
- Les politiques de la jeunesse, des sports et de la cohésion sociale sont des missions de proximité : leur mise en œuvre relève prioritairement du niveau départemental autour des finalités éducatives, de citoyenneté et de solidarité. Dès le 1^er janvier 2016, sera procédé au regroupement de la direction régionale de la jeunesse, des sports et de la cohésion sociale et de la direction départementale chargée de la cohésion sociale.
- Sur le plan culturel, dans les quarante départements les plus peuplés, un conseiller dédié à l’action culturelle assurera l’interface de proximité avec les collectivités territoriales, les institutions et les acteurs culturels locaux.